Проблема из за работающей службы DFSS, которая в стандартном варианте всегда работает на Win2012.

Dynamic Fair Share Scheduling (DFSS) позволяет балансировать и распределять ресурсы CPU между пользователями.
Для проверки статуса необходимо запустить PowerShell и выполнить команду:
(gwmi win32_terminalservicesetting -N "root\cimv2\terminalservices").enabledfss
Если в результате Вам вернулось значение 1 - значит возможности DFSS включены, 0 - выключены.
Средствами Group Policy выключить ее нельзя. Что бы ее выключить, необходимо сделать следующее:
Для 2008R2
1) Открываем реестр windows (команда regedit) и переходим в ветку
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\Quota System
Находим параметр EnableCpuQuota и сохраняем его со значением 0 (1 - включить, 0 - отключить)
Параметра EnableFairShare в 2008r2 нет.
Перезагружаем компьютер, возможность будет выключена.
Для 2012
1) Открываем реестр windows (команда regedit) и переходим в ветку
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\Quota System
Находим параметр EnableCpuQuota и сохраняем его со значением 0 (1 - включить, 0 - отключить)
2) Открываем реестр windows (команда regedit) и переходим в ветку
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\TSFairShare\Disk
Находим параметр EnableFairShare и сохраняем его со значением 0 (1 - включить, 0 - отключить)
Перезагружаем компьютер, возможность будет выключена.

В общем случае, это решает проблему таких тормозов. Но вот почему себя DFSS так ведёт, пока не ясно.